Luego de años sin expedir facturas ni cumplir obligaciones fiscales, comenzar a facturar con retención conlleva riesgos importantes. Las autoridades tributarias (SAT) pueden imponer multas elevadas, exigir el pago retroactivo de impuestos omitidos con recargos e incluso bloquear la emisión de nuevas facturas. Es fundamental entender las consecuencias de la omisión prolongada –como posibles auditorías de hasta 5 años atrás, sanciones económicas y problemas legales– y tomar medidas para regularizar la situación fiscal. A continuación, exploramos estos riesgos y brindamos consideraciones clave para reiniciar la facturación formal con retenciones correctamente, apoyándose en herramientas contables modernas y asesoría profesional.
Tip Alegra: En México, ciertos pagos obligan a retener impuestos. Por ejemplo, la Ley del ISR dispone que cuando una persona física presta servicios profesionales a una moral, ésta debe retener el 10 % del pago como anticipo de ISR. De igual forma, algunos pagos contemplan retención de IVA o IEPS según la actividad. El receptor de la factura (quien paga) calcula el porcentaje de retención y lo declara al SAT.
¿Qué significa “facturar con retención” y por qué es obligatorio?
“Facturar con retención” se refiere a emitir comprobantes fiscales (CFDI) en los que se incluye la retención de impuestos, normalmente el Impuesto sobre la Renta (ISR) e incluso una parte del IVA, según lo exige la ley. En México, esto ocurre típicamente cuando una persona física con actividad empresarial o profesional le presta servicios a una persona moral (empresa). La empresa debe retener un porcentaje del pago como anticipo de impuestos y enterarlo al SAT a nombre del proveedor.
Por ejemplo, en el régimen general una empresa que paga honorarios a un profesional retiene el 10 % de ISR sobre el monto antes de IVA, y también retiene 2/3 del IVA (es decir, un 10.67 % del valor del servicio por concepto de IVA). En el régimen simplificado de confianza (RESICO) para personas físicas, la retención es menor a 1.25 % del monto antes de IVA, tal como lo indica el artículo 113-J de la Ley del ISR.
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¿Por qué es obligatorio facturar y retener?
Porque la ley fiscal mexicana requiere que todos los actos o ingresos gravables estén respaldados por facturas (CFDI) y que se apliquen las retenciones correspondientes. El Código Fiscal de la Federación (CFF) en su artículo 29 establece que cuando las leyes fiscales obliguen a expedir comprobantes por actividades, ingresos o retenciones, estos deben generarse en formato digital (CFDI) a través de la plataforma del SAT. A su vez, las leyes del ISR e IVA señalan los casos en que el pagador debe retener parte del impuesto al perceptor.
En resumen, si vas a reincorporarte a la formalidad tras años sin facturar, tendrás que emitir CFDI por tus ingresos presentes y futuros, y si prestas servicios a empresas, esas facturas incluirán líneas de retención de ISR (y en su caso IVA) que tus clientes descontarán de tus cobros para enterarlos al SAT.
¿Cuáles son los riesgos fiscales de una omisión prolongada de facturación?
Haber operado varios años sin expedir facturas ni cumplir con las obligaciones fiscales conlleva riesgos considerables al intentar regularizarte ahora. El Servicio de Administración Tributaria (SAT) puede interpretar esos años de inactividad formal como evasión fiscal o incumplimiento deliberado.
Estos son los principales riesgos que enfrentas al comenzar a facturar con retenciones después de una prolongada omisión:
Multas económicas por no facturar en su momento
La ley tipifica como infracción el no haber emitido los comprobantes fiscales cuando era obligatorio. El artículo 83, fracción VII del CFF considera infracción “no expedir, no entregar o no poner a disposición de los clientes los comprobantes fiscales digitales (CFDI) cuando las disposiciones fiscales lo establezcan”. Por ello, el SAT está facultado para multarte por cada factura omitida en esos años.
De acuerdo con el artículo 84 del CFF, la sanción por no expedir un CFDI requerido puede ir desde ~$19,700 hasta $112,650 MXN por cada omisión. Estas cifras son referenciales para 2025 y se actualizan por inflación periódicamente. Incluso en el mejor de los casos (pequeños contribuyentes bajo regímenes simplificados), las multas mínimas rondan los $1,900 a $3,800 MXN por factura no emitida. Así, varios años de actividades no facturadas podrían traducirse en decenas de miles de pesos en sanciones acumuladas.
Recargos e intereses sobre impuestos omitidos
Más allá de las multas por la falta de CFDI, debes considerar que si en esos años generaste ingresos y debías pagar ISR o IVA por ellos, el SAT podría reclamarte esos impuestos no enterados. En caso de una auditoría o corrección voluntaria, tendrías que pagar el impuesto omitido de cada año, más actualización por inflación y recargos por mora.
Por ejemplo, en un caso real una empresa que pasó 4 años sin pagar impuestos tuvo que liquidar de golpe todos los adeudos acumulados de ISR, IVA y retenciones de ese período, lo que representó un fuerte impacto financiero. Esta carga retroactiva puede desequilibrar las finanzas de cualquier negocio.
Posible auditoría del SAT y determinación de créditos fiscales
Al reactivar tu actividad fiscal tras años de omisión, existe el riesgo de despertar la atención del SAT. La autoridad fiscal cuenta con facultades de comprobación para revisar hasta 5 ejercicios anteriores en busca de omisiones. De hecho, es común que, si detectan irregularidades, inicien revisiones abarcando los últimos cinco años (e incluso hasta 10 años si nunca estuviste inscrito en el RFC o si se presume un delito fiscal grave).
Debes saber que el SAT cruza información de múltiples fuentes: declaraciones de terceros (por ejemplo, clientes o proveedores que sí dedujeron operaciones), depósitos bancarios, facturas de gastos, etc. Gracias a sistemas electrónicos como los CFDI, la DIOT (declaración de operaciones con terceros) y otros medios digitales, la autoridad puede identificar si hubo ingresos no declarados en esos años de inactividad. Si comprueban la omisión, el SAT emitirá un crédito fiscal cobrando los impuestos debidos más multas y recargos. Peor aún, ignorar o no pagar esos créditos podría llevar al embargo de cuentas, propiedades o al inicio de un proceso legal.
Suspensión o cancelación de sellos digitales (CSD)
Un riesgo inmediato al intentar facturar después de un largo periodo omiso es encontrarte con que tu Certificado de Sello Digital (CSD) –indispensable para timbrar CFDI– esté inactivo o revocado por el SAT. La autoridad fiscal puede deshabilitar el certificado de un contribuyente cuando detecta ciertas irregularidades, entre ellas la falta prolongada de cumplimiento. Ha ocurrido que contribuyentes que “desaparecieron” fiscalmente por años, al tratar de retomar la facturación, descubren que el SAT les bloqueó la emisión de facturas debido a sus omisiones.
En un caso de estudio, el SAT revocó el CSD de una empresa que llevaba años sin pagar impuestos, considerando ilógico que declarara en ceros pese a tener ingresos; hasta que no regularizó su situación, no se le reactivó el certificado. Si tu CSD está suspendido, no podrás emitir facturas hasta solucionar el problema ante el SAT, lo que interrumpe tus ingresos y operaciones comerciales. En esencia, tu negocio queda paralizado mientras dure la restricción.
Sanciones por retenciones no efectuadas o no enteradas
Aquí debemos distinguir dos situaciones posibles. Si en esos años de omisión tú eras el prestador de servicios (persona física) simplemente no te retenían impuestos porque operabas en la informalidad, por lo que ahora al formalizarte comenzarás a sufrir retenciones en tus facturas (lo cual en sí no es sanción, sino cumplimiento normal). Sin embargo, si durante la omisión tú actuabas como retenedor omitido –por ejemplo, tenías empleados y no les retenías ISR, o eras empresa y pagabas honorarios sin retener a tus proveedores–, entonces enfrentaste una falta adicional. No haber realizado ni enterado las retenciones obligatorias es una infracción grave.
La ley considera al retenedor como responsable solidario ante el fisco por esos montos (artículo 26, Fracción I del CFF), de modo que si no los retuviste igualmente debes pagar lo que correspondía. Además, omitir enterar retenciones es un delito fiscal tipificado en el artículo 109, fracción II del CFF. Esto significa que, más allá de multas administrativas, podrías enfrentar consecuencias penales si se comprueba que deliberadamente no entregaste impuestos retenidos de terceros al SAT.
Por ejemplo, no enterar retenciones de ISR o IVA que descontaste (o debiste descontar) se considera apropiación indebida de caudales públicos, con penas que pueden incluir prisión en casos extremos.
En resumen, si tu omisión involucró retenciones no realizadas, es prioritario corregirlo cuanto antes para evitar caer en un supuesto de sanción penal.
Pérdida de beneficios fiscales y reputación ante el SAT
Otro riesgo intangible pero real de haber estado inactivo fiscalmente es que ahora estarás en la mira del SAT. Tu historial como contribuyente puede haberse visto afectado; por ejemplo, podrías haber acumulado estatus de “omiso” en declaraciones, o incluso aparecer en listas de incumplidos. Esto puede hacer más difícil obtener ciertas facilidades administrativas.
Adicionalmente, si tu actividad requiere proveedores o clientes formales, la falta de un historial de facturación puede generar desconfianza comercial. Desde la perspectiva del SAT, un contribuyente que súbitamente comienza a facturar montos significativos tras años de silencio puede ser marcado como caso de riesgo, aumentando la probabilidad de auditorías profundas (vigilancia profunda). No hay un cálculo exacto para este riesgo reputacional, pero es una consideración: tendrás que esforzarte en demostrar cumplimiento estricto en adelante para recuperar la confianza de la autoridad y de terceros.
Como vemos, las implicaciones de “salir de las sombras” fiscales tras años de omisión van desde golpes financieros inmediatos (multas, pagos retroactivos) hasta posibles consecuencias legales y operativas. Afortunadamente, es posible mitigar estos riesgos tomando medidas proactivas para regularizarte y cumplir correctamente con la facturación y retenciones a partir de ahora. En la siguiente sección abordamos qué precauciones y pasos seguir al reiniciar tus actividades de facturación.
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¿Qué debes considerar al empezar a facturar de nuevo (con retenciones) y regularizarte?
Dar el paso a la formalidad después de años de no facturar requiere planear cuidadosamente cómo ponerse al día sin agravar la situación. Aquí presentamos las consideraciones clave y recomendaciones para empezar a facturar con retención minimizando riesgos:
Reinscríbete o actualiza tu RFC y obtén tus certificados
Si nunca estuviste inscrito en el RFC, deberás darte de alta ante el SAT antes de emitir cualquier factura. En cambio, si ya tenías RFC pero dejaste de presentar declaraciones (contribuyente omiso), es fundamental actualizar tu situación en el SAT. Verifica tu constancia de situación fiscal para conocer tu régimen actual; si figurabas como suspendido o en inactividad, presenta el aviso de reanudación de actividades.
Asimismo, tramita o renueva tu e.firma (FIEL) y solicita un Certificado de Sello Digital nuevo para facturar. Ten en cuenta que si tu CSD anterior fue revocado, deberás seguir el proceso de rehabilitación que indique el SAT (lo que puede tomar días o semanas). Sin un CSD válido no podrás timbrar CFDI, así que este es el primer paso técnico indispensable.
Analiza y regulariza tus años omisos
Es altamente recomendable consultar con un contador fiscalista para revisar los años en que no facturaste ni declaraste. Juntos deben determinar si en esos ejercicios tuviste ingresos gravables y calcular un aproximado de los impuestos que hubieras debido pagar. Con esa información, evalúa la conveniencia de presentar declaraciones complementarias o extemporáneas para corregir esas omisiones. En muchos casos, lo más prudente es adelantarse al SAT corrigiendo espontáneamente.
Si tus omisiones fueron recientes (dentro de los últimos 5 años), aún estás a tiempo de declarar esos periodos. Esto generará multas por declaración tardía y recargos, pero suele ser mejor que esperar a una auditoría formal con multas mayores. Si decides regularizar, presenta las declaraciones anuales y/o mensuales omitidas, pagando los importes debidos con sus accesorios.
En caso de no tener liquidez para saldar todo, podrías acercarte al SAT a solicitar un convenio de pago en parcialidades –aunque ojo, las contribuciones retenidas no pueden pagarse a plazos por ley (artículo 66-A del CFF)-. Siempre documenta que la corrección fue voluntaria, pues podría ayudarte a negociar la condonación de algunas multas (el SAT a veces reduce sanciones a quien se autocorrige sin mediar requerimiento). Por el contrario, si tus omisiones son muy antiguas (más de 5 años) y el SAT no ha reclamado nada, consulta con tu asesor la estrategia a seguir.
La facultad del SAT para determinar impuestos caduca en cinco años en la mayoría de los casos (artículo 67 del CFF), así que ejercicios anteriores a ese plazo podrían estar prescritos salvo que no hubieras estado inscrito en RFC (lo que extiende el plazo a 10 años) o se trate de posible delito. Un experto te ayudará a decidir si conviene declarar esos años lejanos o dejar correr la prescripción, documentando bien las fechas para ampararte en la caducidad de las facultades de cobro (artículo 146 del CFF).
Elige el régimen fiscal adecuado al reactivar tu facturación
La situación fiscal en México cambió en años recientes con nuevos regímenes simplificados. Si eres persona física, evalúa si calificas para el Régimen Simplificado de Confianza (RESICO), vigente desde 2022. Este régimen ofrece tasas muy bajas de ISR (1 % a 2.5 % según ingresos) y simplificación administrativa, siempre que tus ingresos anuales no rebasen $3.5 millones y estés al corriente con el SAT. Muchos contribuyentes omisos optan por RESICO al regularizarse, ya que facilita el cumplimiento y reduce la carga tributaria futura.
Ten presente que si tenías un régimen antiguo como el Régimen de Incorporación Fiscal (RIF) y dejaste de tributar, ya no puedes reactivarlo porque el RIF fue cerrado a nuevos ingresos en 2022. Sin embargo, podrías migrar a RESICO o al Régimen General de Actividades Empresariales y Profesionales según tu perfil.
Tip Alegra: Si eres un contribuyente, es importante que te asesores con tu contador para inscribirte en el régimen que más te convenga y que sea acorde a la actividad que realizas. Esto definirá, entre otras cosas, el manejo de las retenciones: por ejemplo, en RESICO las empresas que te paguen te retendrán el 1.25 % de ISR, mientras que si tributas en régimen general, te retendrán el 10 % (honorarios) más parte del IVA. Un régimen adecuado te evitará pagar de más o incumplir requisitos.
Cumple correctamente con las retenciones a partir de ahora
Al emitir tus primeras facturas formales luego de tanto tiempo, pon atención a que estén bien aplicadas las retenciones y los impuestos trasladados. Asegúrate de configurar tu sistema de facturación con tu Régimen Fiscal correcto para que los CFDI incluyan automáticamente las retenciones procedentes.
Por ejemplo, si eres persona física RESICO prestando servicio a una persona moral, la factura debe mostrar en el apartado de “Impuestos retenidos” el 1.25 % de ISR. Si eres persona física en general por honorarios, debe aparecer 10 % ISR retenido y 2/3 partes de IVA retenido.
Emite comprobantes por cada ingreso que percibas y no intentes ocultar operaciones para “no pagar impuestos” –esa práctica solo prolongará el problema y ahora con los CFDI 4.0 el SAT tiene visibilidad completa de los movimientos de cada RFC. También, si ahora tú actúas como retenedor (por ejemplo, contratas a otra persona física por un servicio), cumple puntualmente con calcular y enterar al SAT esas retenciones antes del día 17 del mes siguiente como marca la ley.
Declarar y pagar a tiempo las retenciones es crucial: si no lo haces, además de multas podrías perder la deducción de ese gasto y enfrentarte a lo que mencionamos antes (responsabilidad solidaria e incluso delito fiscal por retenciones omitidas).
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Recuerda que las retenciones son una obligación legal del pagador; el SAT espera que, si tú eres la empresa, actúes como agente retenedor o auxiliar de recaudación. De hecho, especialistas advierten que no realizar las retenciones o no expedir el CFDI de retenciones con su complemento puede detonar auditorías y multas importantes. En resumen, a partir de ahora cumple cabalmente con retener/trasladar lo que corresponda en cada factura y con declarar esas cantidades en tus pagos provisionales mensuales.
Mantén organizada tu contabilidad y documentación
Pasar de la informalidad a la formalidad implica adoptar hábitos rigurosos de registro. Deberás llevar contabilidad (ingresos, egresos, comprobantes) y conservar tus CFDI y papeles de trabajo por al menos 5 años. Implementa desde ya un sistema de control para que todas tus operaciones queden registradas oficialmente. Esto no solo te protege ante cualquier requerimiento del SAT (podrás demostrar tus ingresos declarados y deducciones), sino que te evita caer de nuevo en omisiones involuntarias.
La falta de costumbre en facturar puede jugarte malas pasadas al principio –por ejemplo, olvidar emitir una factura de venta al público en general o no timbrar ciertos ingresos–, así que apóyate en software confiable de facturación que te ayude a no omitir nada. Más adelante mencionaremos algunas herramientas tecnológicas útiles.
Comunica tu nueva formalidad a clientes y proveedores
Si tus clientes actuales estaban acostumbrados a no pedirte factura, informales que ahora emitirás CFDI por cada cobro y explícales si habrá algún ajuste en la dinámica (por ejemplo, si eres profesional independiente y tus clientes empresas quizás te retendrán cierta porción del pago, asegúrate de que lo sepan y que luego te entreguen tu constancia de retenciones anual). Del lado de tus proveedores, comienza a solicitar facturas de tus gastos para poder deducirlos y acreditar IVA.
Esto te ayudará a reducir tu carga fiscal real y demuestra al SAT consistencia en tu actividad (por ejemplo, si reportas ingresos también es normal tener gastos vinculados). Cambiar a la formalidad implica integrarte plenamente en la cultura fiscal: facturar todo ingreso y pedir factura de todo gasto necesario para tu negocio.
Monitorea de cerca tu buzón tributario y situación fiscal
Al reactivarte, el SAT probablemente te envíe comunicaciones vía tu Buzón Tributario electrónico. Revisa periódicamente tu buzón y tu situación en el portal del SAT. Si llegan cartas invitación por obligaciones omitidas, atiéndelas de inmediato. Muchas veces el SAT primero envía invitaciones no vinculantes para que corrijas tal o cual año omitido antes de pasar a acciones más fuertes.
Aprovecha esta oportunidad para enmendar lo necesario. Mantenerte al día con las notificaciones oficiales evitará que te sorprendan con un crédito fiscal ya firme o una multa ejecutoriada por no responder a tiempo.
Siguiendo estas consideraciones, podrás reanudar tu facturación de manera ordenada, reduciendo el riesgo de sanciones adicionales. El objetivo es demostrarle al SAT que, aunque en el pasado incumpliste, ahora estás comprometido con el cumplimiento. Con el tiempo, un historial impecable de declaraciones presentadas y pagos efectuados jugará a tu favor.
¿Qué herramientas facilitan el cumplimiento de la facturación electrónica?
Regularizar tu situación fiscal y mantenerla al día puede ser abrumador sin ayuda. Por fortuna, hoy existen soluciones tecnológicas pensadas para simplificar la facturación electrónica y la gestión contable de empresas y profesionales independientes en México. Una de ellas es Alegra, una plataforma en la nube que te permite llevar el control de tu negocio de forma fácil y conforme a la normatividad vigente.
¿Por qué Alegra es el mejor software contable?
Porque Alegra te ayuda a evitar omisiones involuntarias y cumplir con las formalidades sin complicaciones técnicas. Por ejemplo, Alegra permite generar facturas electrónicas (CFDI) con todos los requisitos y complementos necesarios, incluyendo la correcta aplicación de impuestos trasladados y retenidos.
Si necesitas emitir facturas con retención (ya sea por servicios profesionales, arrendamiento u otros), el sistema de Alegra calcula automáticamente la retención correspondiente una vez configurados tus datos fiscales. Esto reduce el riesgo de errores humanos en el cálculo de ese 10 % de ISR o 1.25 %, etc., que podrían derivar en discrepancias. Además, Alegra mantiene sus catálogos y formatos actualizados a la versión 4.0 del CFDI, por lo que no tendrás que preocuparte de cambios técnicos del SAT.
Otro beneficio es la integración contable: Al registrar todas tus facturas de ingreso y de gasto en una plataforma, puedes obtener reportes de IVA acreditable, retenciones por enterar, estado de resultados, etc., que facilitan la elaboración de tus declaraciones mensuales y anuales. De hecho, llevar una contabilidad ordenada y sistematizada será clave para no incurrir nuevamente en omisiones. Según el Código Fiscal, los contribuyentes deben conservar su contabilidad en regla y a disposición de la autoridad; en este sentido, un software te ayuda a tener todo en orden y respaldado en la nube.
Alegra, en particular, está diseñada para usuarios no expertos en impuestos, con una interfaz sencilla. Te permite, por ejemplo, automatizar la emisión de facturas recurrentes, programar tus facturas globales al público en general, generar la representación impresa y enviarla a tus clientes, todo cumpliendo con los lineamientos del SAT. Así, aseguras que ninguna operación quede sin facturar y te adhieres a las normas fiscales de forma rápida y precisa. La plataforma también cuenta con soporte y actualizaciones constantes conforme cambian las disposiciones (como nuevos complementos de pagos, ajustes en catálogos del SAT, etc.), de modo que siempre estarás al día tecnológicamente.
Por supuesto, existen otras herramientas en el mercado, pero si buscas una solución integral que abarque facturación, control de gastos, reportes, y mucho más, Alegra es la opción más recomendable para empresas, emprendedores y contadores en México.
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En conclusión, apoyarte en la tecnología reduce la probabilidad de cometer fallas en tu nueva etapa de cumplimiento. Después de años manejándote informalmente, tener un sistema que te recuerde fechas de declaración, que valide tus facturas y lleve tus cálculos de impuestos, es casi indispensable para evitar caer de nuevo en omisiones involuntarias. Invertir en estas herramientas (muchas de las cuales son muy accesibles e incluso tienen versiones gratuitas con cierto límite) es invertir en la tranquilidad financiera y fiscal de tu negocio.
Fuentes
- Cámara de Diputados. (2024). Ley del Impuesto sobre la Renta (última reforma). Diario Oficial de la Federación, México.
- Cámara de Diputados. (2020). Código Fiscal de la Federación. Diario Oficial de la Federación, México.
- Servicio de Administración Tributaria [SAT]. Programa de Regularización Fiscal 2025. Ciudad de México.
