La facturación electrónica es obligatoria para todos los contribuyentes en Costa Rica desde 2018, conforme a las resoluciones del Ministerio de Hacienda. No cumplir con esta obligación expone a los contribuyentes a sanciones tributarias directas impuestas por la Dirección General de Tributación (DGT) y a diversas consecuencias indirectas que pueden afectar la operación del negocio y su relación con otras entidades.
A continuación, se detalla el régimen sancionatorio vigente en 2025 por el incumplimiento de la factura electrónica, incluyendo las multas establecidas en el Código de Normas y Procedimientos Tributarios (CNPT), pérdida de beneficios fiscales, bloqueos en sistemas administrativos, implicaciones laborales y análisis de jurisprudencia relevante. El objetivo es brindar a los contadores información actualizada y técnica para asegurar el cumplimiento y evitar contratiempos.
Sanciones tributarias directas por no usar la facturación electrónica
El Código de Normas y Procedimientos Tributarios (CNPT) establece expresamente las sanciones que la DGT puede imponer a quienes incumplan el deber de emitir comprobantes electrónicos. Las infracciones y multas principales son las siguientes:
No emitir factura electrónica o comprobante autorizado
Constituye una infracción tipificada en el artículo 85 del CNPT. La sanción es una multa equivalente a 2 salarios base. A la fecha, el salario base vigente es ₡462.200, de modo que la multa asciende aproximadamente a ₡924.400 por cada caso de comprobante no emitido o no entregado correctamente al cliente.
Esta multa no admite reducciones por pago voluntario, según lo dispuesto en la normativa vigente. Es importante destacar que la multa aplica tanto por no generar la factura electrónica como por no entregarla al cliente en el acto de la venta o prestación del servicio.
No aceptar medios de pago electrónicos (tarjetas u otros)
Aunque no se trata propiamente de la factura electrónica, suele fiscalizarse de forma conjunta. El artículo 85 bis del CNPT sanciona la negativa a aceptar tarjetas de crédito, débito u otros medios de pago autorizados con una multa de 1 salario base (₡462.200). En operativos recientes, Tributación ha constatado que muchos comercios que no emiten factura electrónica tampoco cumplen con este deber, imponiendo ambas sanciones simultáneamente.
Reincidencia en la no emisión de comprobantes electrónicos
Si un contribuyente, habiendo sido sancionado previamente mediante resolución firme, reincide en no emitir o no entregar facturas electrónicas, la ley contempla sanciones más drásticas. El artículo 86 del CNPT faculta a la DGT a imponer el cierre temporal del negocio por 5 días naturales en caso de reincidencia comprobada.
Esta sanción de clausura puede afectar al establecimiento donde se realiza la actividad comercial, suspendiendo las operaciones durante ese período. Es una medida de último recurso para infractores reincidentes y busca prevenir la evasión reiterada.
Principales sanciones directas por incumplir la facturación electrónica
| Incumplimiento | Sanción | Fundamento legal |
| No emitir factura electrónica o comprobante autorizado | Multa de 2 salarios base (₡924.400) | Artículo 85 CNPT |
| No entregar la factura al cliente en la transacción | Multa de 2 salarios base (₡924.400) | Artículo 85 CNPT |
| No aceptar medios de pago alternativos (tarjetas) | Multa de 1 salario base (₡462.200) | Artículo 85 bis CNPT |
| Reincidencia en no emitir/entregar factura electrónica | Cierre del negocio por 5 días naturales | Artículo 86 CNPT |
Tip Alegra: El salario base para efectos tributarios se mantiene en ₡462.200 (aproximadamente USD $928,40) según la referencia del Poder Judicial para 2024-2025. Las multas indicadas se calculan en función de dicho monto. Por ejemplo, dos salarios base equivalen a ₡924.400. Estos valores pueden actualizarse por disposiciones legales, por lo que es importante verificar el salario base vigente al momento de la infracción.
En la práctica, la DGT ha sido activa en la fiscalización de estos deberes formales.
Esto evidencia que Tributación está ejerciendo controles estrictos y aplicando sanciones efectivas para asegurar la adopción de la facturación electrónica en todo el país.
Cabe mencionar que, además de las sanciones específicas por la factura electrónica, existen otras infracciones tributarias formales relacionadas con la gestión contable que los contadores deben tener presentes. Por ejemplo, el no mantener los registros contables al día conlleva una multa de 1 salario base según el artículo 84 del CNPT, y la omisión de presentar declaraciones tributarias (IVA, renta, etc.) tiene una multa de medio salario base por cada declaración tardía.
Aunque estas infracciones no están directamente vinculadas a la emisión de facturas electrónicas, suelen encontrarse en los mismos procesos de fiscalización y su cumplimiento es fundamental para evitar contingencias mayores.
Consecuencias indirectas del incumplimiento de la facturación electrónica
Además de las multas y cierres impuestos directamente por la DGT, el incumplimiento de la obligación de facturar electrónicamente puede generar sanciones indirectas y repercusiones colaterales que afectan la actividad del contribuyente. A continuación, se analizan algunas de las principales consecuencias indirectas:
Pérdida de beneficios o créditos fiscales
Si un contribuyente no utiliza facturas electrónicas, sus clientes podrían verse impedidos de utilizar esos comprobantes como respaldo fiscal.
En Costa Rica, solo los comprobantes electrónicos autorizados se reconocen plenamente para efectos tributarios (por ejemplo, para respaldar créditos de IVA o deducir gastos del impuesto sobre la renta). Si una empresa emite facturas no autorizadas (o no emite ninguna), los compradores no podrán deducir ese gasto ni acreditar el IVA, lo cual les afecta directamente. Esto indirectamente perjudica al emisor infractor, ya que sus clientes podrían dejar de hacer negocios con él o exigirle regularizar la situación.
Además, el Ministerio de Hacienda podría rechazar gastos o créditos del propio contribuyente si no cuentan con factura electrónica de respaldo, incrementando su carga tributaria.
En resumen, no facturar electrónicamente equivale a perder el derecho a ciertos beneficios fiscales y pone en riesgo tanto la posición del negocio como la de sus clientes frente al fisco.
Bloqueo de trámites y acceso a sistemas
La Administración Tributaria puede tomar medidas administrativas que dificulten la operatividad del contribuyente incumplido. Si bien no existe una “inhabilitación” formal predefinida en el ATV (Administración Tributaria Virtual) exclusivamente por no emitir facturas, en la práctica un contribuyente con incumplimientos graves puede enfrentar restricciones en trámites electrónicos. Por ejemplo, se puede suspender la autorización para emitir comprobantes mientras no solvente la situación, o requerir pasos adicionales de validación.
La normativa costarricense prevé, en otros ámbitos de incumplimiento, sanciones administrativas como la suspensión de servicios. Un ejemplo de ello se ve con el incumplimiento en el suministro de información exigida por Tributación: si un obligado no presenta la información requerida después de varios apercibimientos (según el artículo 83 CNPT), el Registro Nacional no podrá emitir certificaciones de personería jurídica ni inscribir documentos a nombre del contribuyente, y los notarios deberán consignar en las escrituras que dicho contribuyente no cumple con la obligación.
Esta medida de presión, aunque está diseñada para otros tipos de obligaciones informativas, ilustra cómo la administración puede valerse de mecanismos de bloqueo institucional. En el contexto de la factura electrónica, un incumplimiento sostenido podría resultar en obstáculos para realizar gestiones en Hacienda hasta tanto se corrija la situación (por ejemplo, inconvenientes para obtener constancias de estar al día).
Implicaciones laborales y comerciales
Una empresa sancionada o con el negocio cerrado temporalmente por la DGT enfrentará impactos laborales y reputacionales. Si se ordena el cierre del establecimiento por 5 días por reincidencia en no facturar, la empresa no podrá operar en ese lapso, lo que afecta ingresos y potencialmente el pago de salarios. Legalmente, el patrono seguiría obligado con sus colaboradores, por lo que esta sanción implica un costo laboral indirecto (pago de planilla durante el cierre, o eventual recuperación de horas).
Desde el punto de vista reputacional, figurar como incumplidor ante la autoridad tributaria puede mermar la confianza de clientes, proveedores e incluso de entes financieros. Por ejemplo, las entidades bancarias y proveedores podrían reconsiderar líneas de crédito si la empresa demuestra problemas de cumplimiento fiscal.
Asimismo, si la empresa participa en concursos o licitaciones públicas, la falta de una certificación de cumplimiento tributario (que Hacienda emite únicamente a quienes están al día en todas sus obligaciones) la descalificaría de dichos procesos. De igual forma, otras entidades regulatorias o municipales pueden requerir estar al día con Tributación para otorgar permisos o patentes comerciales; un historial de sanciones por factura electrónica podría entorpecer estos trámites.
Riesgos de auditorías y acciones penales
El no emitir facturas electrónicas suele ir acompañado de la sub-declaración de ingresos, lo cual incrementa la probabilidad de auditorías fiscales. Si a raíz del incumplimiento de facturación la DGT detecta omisión significativa de impuestos, puede calcular diferencias de impuestos dejados de pagar, con sus respectivas sanciones por omisión (que pueden llegar al 100% del impuesto omitido según el CNPT) y cobro de intereses.
En casos extremos, cuando el monto de la evasión supera ciertos umbrales o se comprueba dolo, podría configurarse un delito de defraudación fiscal bajo la Ley de Delitos Tributarios, exponiendo al contribuyente a un proceso penal. Aunque esta ya es una consecuencia de otra índole (no directamente por la factura electrónica, sino por la evasión vinculada), vale la pena señalar que incumplir con la factura electrónica es a menudo el primer indicio de prácticas irregulares que pueden escalar a sanciones mayores.
En síntesis, las sanciones indirectas pueden resultar incluso más costosas que la multa inicial. La pérdida de confianza, obstáculos administrativos y riesgos legales hacen que cumplir con la facturación electrónica sea esencial para mantener la continuidad y la buena salud fiscal del negocio. Los contadores deben advertir a sus clientes de estas implicaciones más allá de la multa inmediata, fomentando una cultura de cumplimiento integral.
Jurisprudencia relevante sobre sanciones de facturación electrónica
El marco sancionatorio de la facturación electrónica en Costa Rica ha sido objeto de análisis por los tribunales, tanto en la vía administrativa como en la constitucional. A continuación, se resumen los criterios jurisprudenciales más relevantes que todo contador debería conocer:
Confirmación de la obligatoriedad de la factura electrónica (Sala Constitucional)
Desde la introducción escalonada de la factura electrónica obligatoria, diversos contribuyentes interpusieron recursos alegando afectación de sus derechos. La Sala Constitucional (Sala IV) ha respaldado consistentemente la legalidad de esta exigencia. En enero de 2018, por ejemplo, la Sala resolvió el expediente 17-020412-0007-CO, rechazando por improcedente un recurso de amparo que alegaba trato discriminatorio hacia profesionales liberales en la implementación de la factura electrónica.
El tribunal constitucional determinó que exigir factura electrónica no violaba derechos fundamentales, señalando que la obligación se estableció mediante una disposición administrativa general y razonable. De igual forma, en julio de 2018, la Sala IV declaró sin lugar otro recurso (expediente 18-009575-0007-CO) interpuesto por un adulto mayor que adujo dificultades tecnológicas para facturar
En esa resolución, la Sala enfatizó que la Administración ofrecía mecanismos de asistencia (como la plataforma gratuita ATV y manuales de uso) y que el contribuyente no demostró haber agotado esas ayudas antes de recurrir a un amparo.
En suma, la jurisprudencia constitucional ha sostenido que la facturación electrónica obligatoria es válida, no constituye una violación a derechos como la igualdad o el libre ejercicio económico, y que los contribuyentes deben adaptar sus medios (con apoyo de la Administración cuando corresponda) para cumplirla.
Principio de legalidad y sanciones proporcionales (Tribunal Fiscal Administrativo)
Un aspecto debatido fue la correcta tipificación jurídica de la conducta de no remitir los comprobantes electrónicos para su validación ante Hacienda. La DGT, en algunos procesos sancionatorios iniciales, calificó la falta de envío del archivo XML de la factura al sistema como un incumplimiento en el suministro de información, pretendiendo aplicar la sanción genérica del artículo 83 del CNPT (multa del 2% de los ingresos brutos, con mínimo de 3 salarios base).
Sin embargo, el Tribunal Fiscal Administrativo (TFA) –órgano encargado de resolver las apelaciones de sanciones tributarias en sede administrativa– corrigió esta interpretación, recurriendo al principio de tipicidad y proporcionalidad. En varios fallos, el TFA señaló que la conducta de no enviar el XML en realidad configura la infracción de no emisión de factura (artículo 85 CNPT), puesto que, sin validación, la factura no se considera legalmente emitida.
Aplicar el artículo 83 del CNPT (sanción del 2% de ingresos) resultaría desproporcionado y atípico, dado que esa norma fue pensada para infracciones informativas de otra naturaleza.
De hecho, el Tribunal advirtió que sancionar la no remisión del XML con un 2% de los ingresos podría violar principios constitucionales de proporcionalidad y razonabilidad, ya que se expondría a pequeños contribuyentes a multas exorbitantes por omisiones menores.
En consecuencia, el criterio jurisprudencial consolidado es que la multa correcta por no enviar o validar la factura electrónica es la del artículo 85 CNPT: dos salarios base, y no la del 2% de ingresos del artículo 83.
Este precedente es fundamental, pues asegura que las sanciones se apliquen conforme al principio de legalidad estricto: solo se puede castigar una conducta si está definida en una ley con su respectiva sanción. Al equiparar la falta de transmisión de la factura al hecho de no emitirla, se garantiza la punibilidad pero dentro de márgenes proporcionales.
Cierre de negocio y debido proceso (Tribunal Contencioso-Administrativo)
La sanción de clausura del negocio por reincidencia es especialmente gravosa, por lo que su aplicación ha sido objeto de control en sede judicial. Si bien a la fecha no se ha publicado una sentencia de alto perfil exclusivamente sobre cierre por falta de facturación electrónica, los tribunales Contencioso-administrativos han reiterado que toda sanción administrativa debe respetar el debido proceso (artículos 39 y 41 Constitución Política).
En la práctica, esto implica que antes de un cierre se debe haber girado la sanción previa (multa) y comprobado que hubo reincidencia mediante resolución firme; además, el contribuyente tiene derecho a ser oído y presentar descargos en el procedimiento sancionatorio.
Cualquier clausura ejecutada sin respetar las formalidades podría ser anulada judicialmente. Los contadores deben asesorar a los contribuyentes a ejercer su derecho de defensa: por ejemplo, si se notifica una infracción, responder oportunamente, y si se impone una multa o cierre, valorar la apelación ante el TFA o la vía contencioso-administrativa según el caso.
En resumen, la jurisprudencia nacional ha fortalecido el marco de la facturación electrónica: la ha confirmado como obligatoria y ha afinado la aplicación de sus sanciones bajo principios de legalidad y proporcionalidad. Esto brinda seguridad jurídica tanto a la Administración como a los contribuyentes.
No obstante, también deja claro que los obligados deben cumplir diligentemente con emitir y reportar sus facturas electrónicas, pues los tribunales no han dado cabida a excusas basadas en desconocimiento o dificultad tecnológica cuando existen medios de apoyo. La recomendación a los profesionales en contaduría es mantenerse al día con estos criterios jurisprudenciales para orientar adecuadamente a sus clientes en caso de eventuales controversias.
Conclusión
Para los profesionales en contabilidad en Costa Rica, es crucial comprender que la factura electrónica no es solo un requisito tecnológico, sino un deber formal respaldado por un régimen sancionatorio estricto. Las multas por incumplimiento pueden ser onerosas (monetarias y comerciales), e incluso derivar en cierres de negocio y otros problemas.
La mejor estrategia para evitar la sanción es la prevención: educar, implementar controles y usar las herramientas disponibles para cumplir a cabalidad con la emisión de comprobantes electrónicos por cada transacción.
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Un contador preparado, que oriente adecuadamente a su empresa o clientes, será la clave para evitar errores costosos y mantener la operación dentro de la legalidad, aprovechando además los beneficios de la digitalización tributaria (mayor control, facilidades en declaraciones, etc.). En última instancia, cumplir con la facturación electrónica no solo evita sanciones, sino que fortalece la transparencia financiera de la empresa y su posición competitiva en un mercado cada vez más formal y exigente.
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