La Administración Tributaria de Costa Rica ha intensificado las fiscalizaciones de impuestos en 2025 debido a la realidad fiscal del país. Esto significa que tanto empresas (personas jurídicas) como profesionales con actividades lucrativas (personas físicas) enfrentan una mayor probabilidad de ser auditados por el Ministerio de Hacienda.
Como contador público y privado o contribuyente, es crucial entender en qué consiste el proceso de fiscalización de Hacienda, cuáles son sus etapas, los posibles efectos de una auditoría tributaria y cómo prepararse para salir airoso de ella.
A continuación, le ofrecemos una guía completa y actualizada sobre el proceso de fiscalización tributaria en Costa Rica, con consejos prácticos para minimizar riesgos y cumplir con sus obligaciones fiscales de forma correcta.
¿En qué consiste la fiscalización de Hacienda en 2025?
La fiscalización de Hacienda es básicamente una auditoría tributaria llevada a cabo por la Dirección General de Tributación del Ministerio de Hacienda. Bajo el principio de autodeterminación, los contribuyentes presentan sus declaraciones de impuestos con base en sus propios cálculos. Sin embargo, Hacienda tiene la potestad de verificar posteriormente si esas declaraciones son correctas. Para ello, ejecuta controles de dos tipos:
Control extensivo
Consiste en la revisión remota basada en la información que Hacienda ya posee del contribuyente. Esto incluye cruces de datos de las declaraciones de IVA, informes de clientes/proveedores (formulario D-151) y comprobantes electrónicos.
Gracias a la facturación electrónica y sistemas informáticos, la Autoridad Fiscal hoy obtiene gran cantidad de datos y los utiliza de forma eficaz para detectar inconsistencias.
Tip Alegra: Si algo no cuadra en sus sistemas (por ejemplo, ventas reportadas por terceros que no coinciden con sus declaraciones), Hacienda podría proceder con un control más profundo.
Control intensivo
Es la fiscalización in situ o auditoría formal. Implica que Hacienda le envía una notificación de inicio de fiscalización indicando el impuesto y período a revisar. A partir de ese momento, un auditor (o equipo de auditores) podrá personarse en las instalaciones de la empresa o solicitar información detallada.
La notificación inicial debe mencionar la razón objetiva por la cual se seleccionó al contribuyente para auditoría (p. ej., inconsistencias detectadas, sectores de riesgo, sorteos aleatorios, etc.). Tras la notificación, la Administración tiene un plazo (generalmente de dos meses) para iniciar efectivamente las diligencias de auditoría.
Tip Alegra: La fiscalización intensiva sigue reglas procedimentales establecidas en el Código de Normas y Procedimientos Tributarios, garantizando los derechos del contribuyente (como el respeto al debido proceso y la confidencialidad de la información).
¿Cuáles son las etapas de una fiscalización intensiva?
Una fiscalización intensiva típicamente se desarrolla en varias etapas:
- Requerimiento de información (actuaciones de comprobación e investigación): junto con la notificación o poco después, el auditor emite un oficio solicitando documentos y datos específicos del período bajo examen. Usted, como asesor del contribuyente, tiene el deber de colaboración, por lo que debe entregar todo lo pertinente que se le pida en el plazo otorgado. Es fundamental acotarse únicamente a lo solicitado para el período en cuestión, ya que Hacienda no puede investigar otros periodos o impuestos no comunicados inicialmente sin ampliar formalmente el alcance.
Tip Alegra: Si Hacienda necesitara revisar años adicionales o tributos distintos, debe notificar una ampliación de la fiscalización.
- Verificación y análisis (desarrollo del procedimiento): los auditores revisarán minuciosamente la documentación. Contrastarán las declaraciones con los comprobantes de ingresos y gastos, estados financieros, facturas emitidas y recibidas, movimientos bancarios y cualquier otra evidencia. Inconsistencias comunes que suelen detectar incluyen omisión de ingresos, sobreestimación de gastos deducibles, créditos fiscales indebidamente aplicados (como créditos de IVA sin respaldo) o errores en las retenciones practicadas. Durante esta etapa, es posible que los auditores planteen consultas o requieran información adicional.
Tip Alegra: Mantener una comunicación clara y transparente es importante: si algo no está claro para la autoridad, es preferible explicarlo y respaldarlo con documentos, evitando sospechas de ocultamiento.
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- Conclusión de la auditoría: una vez finalizado el análisis, Hacienda normalmente convoca al contribuyente a una reunión o audiencia de cierre para discutir los hallazgos. Si todo está en orden, la fiscalización se dará por concluida sin ajustes. Pero si encuentran diferencias (por ejemplo, ingresos subdeclarados o impuestos calculados incorrectamente), los auditores presentarán una propuesta de ajustes llamada a veces propuesta de regularización.
En esta, detallan los hallazgos y el monto de impuestos adicionales que, según Hacienda, corresponde pagar, junto con eventuales multas y los intereses generados. El contribuyente tiene derecho a revisar y discutir esos resultados. Si está de acuerdo, puede corregir voluntariamente (mediante declaraciones rectificativas) y pagar lo adeudado para finalizar el asunto.
- Determinación: en esta etapa se realiza el traslado de cargos. Si no está de acuerdo, se inicia un procedimiento contencioso administrativo. Hacienda emitirá una resolución determinativa con los montos que estima cobrar, contra la cual se puede interponer recursos (defensa administrativa e incluso apelación ante el Tribunal Fiscal Administrativo, si fuese necesario).
Tip Alegra: Durante este proceso de impugnación, la empresa normalmente debe garantizar o pagar bajo protesta los montos en disputa, a la espera de la resolución final.
- Resolución final : se emite la resolución final con los montos finales a cobrar, agotando la vía administrativa.
¿Cuál es el plazo de prescripción de las obligaciones tributarias?
El plazo de prescripción de las obligaciones tributarias en Costa Rica es de 4 años contados a partir del año siguiente a la declaración, período durante el cual Hacienda puede fiscalizar y cobrar diferencias. Dicho plazo se extiende a 10 años en casos graves (si el contribuyente no está inscrito, no presentó la declaración, o presentó información fraudulenta).
Cuando se notifica el inicio de una fiscalización, la prescripción se interrumpe, es decir, Hacienda gana más tiempo para determinar el tributo adeudado del período bajo revisión.
Ejemplos prácticos de los efectos de una fiscalización
Una fiscalización de Hacienda puede tener consecuencias importantes para las empresas o profesionales auditados, especialmente si se detectan incumplimientos. A continuación, se presentan un par de escenarios ilustrativos:
- Ejemplo 1 – Diferencias en ventas declaradas: una pyme comercial declara ventas anuales de ₡100.000.000 millones, pero las facturas electrónicas y reportes de clientes indican ₡120.000.000 en ingresos. Hacienda, al cruzar los datos, selecciona a la empresa para fiscalización.
Durante la auditoría, se confirma que ₡20.000.000 no fueron declarados como ingreso. Como resultado, Hacienda liquida el impuesto sobre la renta pendiente sobre esos ₡20.000.000, más intereses por mora desde la fecha en que debió pagarse y aplica una multa proporcional.
La empresa debió pagar inmediatamente el monto adeudado para evitar mayores sanciones. Además, Hacienda podría mantener a esta empresa en observación en años posteriores dada la inconsistencia encontrada.
- Ejemplo 2 – Gastos sin respaldo y omisión de retenciones: Un profesional independiente (persona física con actividad lucrativa) fue seleccionado para fiscalización debido a porcentajes inusualmente altos de gastos deducidos. En la auditoría, Hacienda detecta que varios gastos declarados carecen de factura válida (gastos personales incluidos indebidamente) y que el profesional no practicó la retención de impuestos a algunos proveedores extranjeros.
Como resultado, Hacienda rechaza los gastos sin respaldo, recalcula el impuesto sobre la renta aumentando la base imponible, e impone sanciones por no efectuar las retenciones correspondientes. El profesional se ve obligado a pagar los impuestos omitidos con los intereses acumulados, y recibe una multa por cada omisión significativa detectada.
Estos ejemplos muestran que una fiscalización puede derivar en reajustes significativos de impuestos, cobro de intereses e imposición de multas. En casos extremos, cuando se detecta incumplimiento grave o reiterado, Hacienda puede tomar medidas ejemplares. Por ejemplo, en 2024 Tributación cerró 101 negocios en el país por reincidencia en no presentar declaraciones o no emitir facturas de venta. También es posible que un hallazgo de fraude fiscal derive en denuncias penales contra los responsables.
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Por otro lado, si todo está en orden, la fiscalización concluye sin ajustes y reafirma ante Hacienda que el contribuyente es cumplido. Superar con éxito una auditoría también brinda tranquilidad y confianza en la propia gestión contable.
Consejos para evitar (o enfrentar) una fiscalización de Hacienda
Aunque ningún contribuyente está exento de ser fiscalizado, adoptar buenas prácticas puede reducir la probabilidad de llamar la atención de Hacienda y, en caso de ser auditado, le permitirá afrontar el proceso sin contratiempos. A continuación, algunos consejos clave dirigidos a contadores y empresas en Costa Rica:
- Lleve una contabilidad impecable: asegúrese de que todos los registros contables estén al día, cuadren entre sí (por ejemplo, que las ventas en sus libros coincidan con lo reportado en declaraciones de IVA e impuesto a las utilidades) y cuenten con respaldos.
Tip Alegra: una contabilidad sólida, capaz de responder a cualquier cuestionamiento del auditor, es la mejor defensa en una fiscalización. Esto incluye conservar ordenadamente las facturas electrónicas, comprobantes de pago, contratos y demás documentación por al menos 5 años. ¡Alegra Contabilidad + Facturación es la mejor opción!
- Cumpla puntualmente con las obligaciones tributarias: presentar todas las declaraciones a tiempo (mensuales de IVA, retenciones, anuales de renta, etc.) y pagar los impuestos en las fechas establecidas, demuestra buena fe y reduce el riesgo de multas automáticas.
Un historial limpio de cumplimiento disminuye las probabilidades de ser seleccionado en los planes anuales de fiscalización de Hacienda, que suelen priorizar a quienes tienen atrasos o inconsistencias.
- Evite las señales de alerta comunes: Hacienda suele basarse en criterios de riesgo para elegir a quién fiscalizar. Algunas banderas rojas: márgenes de ganancia inusuales en su sector, variaciones drásticas de un año a otro en ingresos o gastos, solicitudes frecuentes de devolución de impuestos, declaraciones en cero cuando la empresa sigue operando, entre otros. Si su empresa tuvo un año atípico (por ejemplo, una reducción fuerte de ingresos), prepárese para justificarlo con evidencia (mercado, contratos perdidos, etc.). Procure que sus deducciones y exoneraciones estén bien sustentadas conforme a la ley.
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- Realice auditorías preventivas o diagnósticos fiscales: una práctica recomendada es efectuar, revisiones internas periódicas de la situación fiscal de sus clientes. Un mapa de riesgos tributarios le permite evaluar el nivel de cumplimiento de la empresa y detectar áreas vulnerables antes de que lo haga Hacienda.
Revise puntos como: coherencia entre la declaración anual de renta y las 12 declaraciones mensuales de IVA, cumplimiento de todas las retenciones (p. ej., salarios, honorarios profesionales, pagos al exterior), correcta aplicación de las tarifas de impuestos (incluyendo el impuesto a las remesas al exterior), y tratamiento fiscal adecuado de operaciones con el extranjero (aplicación de convenios para evitar doble imposición si corresponden). Solventar voluntariamente cualquier error u omisión encontrado en estas auditorías internas le ayudará a evitar sanciones mayores después.
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- Asesórese y capacítese continuamente: las leyes y reglamentos tributarios pueden cambiar (nuevas resoluciones, criterios del fisco, sistemas como la plataforma “Hacienda Digital” y módulos TRIBU-CR en 2025, etc.).
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Esté Siempre Al Día leyendo nuestro portal contable y las actualizaciones del Ministerio de Hacienda. Participe en capacitaciones del Colegio de Contadores Públicos u otras instituciones. Conocer las reglas vigentes le permite anticipar posibles requerimientos.
- Transparencia y colaboración, pero con límites: si su cliente es sujeto de una auditoría, muestre una actitud colaborativa: entregue la información solicitada en tiempo y forma, facilite las visitas del auditor si necesita ver instalaciones o comprobar inventarios, y responda las consultas de manera clara.
Al mismo tiempo, proteja los intereses de su cliente: no proporcione información que no le haya sido pedida formalmente, ni permita que la fiscalización se extralimite a otros asuntos no indicados en la notificación. Todo requerimiento debe ser por escrito y relacionado con el período/impuesto bajo examen. Este equilibrio entre cooperación y firmeza en los límites ayudará a llevar el proceso de manera profesional.
Siguiendo estos consejos, usted estará mejor preparado para evitar ser el foco de una fiscalización o, si lo llega a ser, enfrentarlo con menor riesgo de sanciones. La clave es la prevención: un contribuyente ordenado y cumplido difícilmente sufrirá consecuencias graves, incluso si es auditado.
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¿Por qué Alegra ayuda a evitar fiscalizaciones?
Porque fomenta el cumplimiento con la automatización de cálculos. Además, al integrar facturación y contabilidad, asegura que la información que llega a Hacienda (por ejemplo, vía comprobantes electrónicos) coincida con sus libros contables. Esto minimiza discrepancias que podrían despertar alertas.
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