El tratamiento de exenciones y no sujeciones en el IVA impacta varias obligaciones formales y sustantivas de los contribuyentes. A continuación, se abordan las obligaciones formales y sustanciales del IVA para quienes realizan este tipo de actividades:
Inscripción como contribuyente del IVA
Según la normativa, toda persona o empresa que inicia actividades gravadas con IVA debe inscribirse en el registro de contribuyentes de IVA (Administración Tributaria).
Ahora bien, si un contribuyente solo realiza operaciones exentas, surge la duda de si debe inscribirse. Dado que las exenciones están dentro del ámbito de la ley (simplemente con tarifa 0%), la posición conservadora y recomendada es inscribirse como contribuyente de IVA aunque no vaya a cobrar impuesto, especialmente si realiza ventas recurrentes exentas. Por ejemplo, un colegio privado (cuyas matrículas están exentas) igual se inscribe en IVA para emitir facturas y reportar sus operaciones exentas. De hecho, la Administración suele considerar sujetos pasivos a quienes realicen actividades incluidas en la ley así sean exentas, por control fiscal.
En cambio, quienes únicamente realizan actividades no sujetas puras (por ejemplo, una asociación que solo recibe donaciones, o una municipalidad que no tiene ventas comerciales) no necesitan inscribirse como contribuyentes de IVA, ya que no realizan el hecho generador del impuesto. No obstante, hay casos híbridos: si una entidad realiza principalmente actividades no sujetas, pero también alguna actividad gravada o exenta, deberá inscribirse por estas últimas.
En la práctica, muchas empresas con operaciones exentas están inscritas como contribuyentes de IVA (ejemplo universidades privadas, cooperativas, pequeñas empresas que solo venden bienes exentos), mientras que los que solo hacen no sujetas tienden a quedar fuera del registro. Siempre es recomendable analizar caso a caso y, ante duda, inscribirse –pues la inscripción no implica pagar impuesto si no corresponde, pero sí evita sanciones por omisión–.
Emisión de facturas y comprobantes – ¿Se debe facturar una venta exenta o no sujeta?
Sí, todas las ventas o prestaciones de servicio, incluso exentas o no sujetas, deben documentarse mediante comprobante electrónico autorizado. La diferencia estará en el tratamiento dentro del comprobante. Para las operaciones exentas, la factura electrónica debe indicarlas con el código y razón de exención correspondiente, mostrando monto gravado a tarifa 0%. Por ejemplo, si se factura una consulta médica exenta, se registra en la línea con IVA 0% y se cita la disposición legal o exoneración que lo respalda (en este caso sería el artículo 8 si aplicara, aunque la mayoría de salud privada está al 4%).
En el caso de operaciones no sujetas, también se deben facturar cuando constituyan una transacción comercial formal. La factura reflejará la venta con código de tarifa 0% sin derecho a crédito, especificando que es “no sujeta”. Desde 2025, Hacienda introdujo en el catálogo de comprobantes electrónicos versión 4.4, un código específico (código 11) para identificar operaciones no sujetas con 0% IVA.
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Por ejemplo, la venta de gasolina se factura con ese código 0% no sujeto, ya que no lleva IVA, pero debe registrarse la transacción.
Excepciones a la facturación pueden darse en entregas gratuitas o situaciones no sujetas donde no hay un cliente que pague (por ejemplo, muestras gratis al público en general). En esos casos, más que una factura, se debe dejar constancia interna (documentos de control de inventario, notas de salida, etc.) que respalden la entrega gratuita por si la Administración requiere verificar por qué no se cobró IVA. Pero si hay un receptor definido (ejemplo: entrega de un bien en consignación sin cargo, o venta a CCSS que es no sujeta), conviene emitir factura indicando la naturaleza no sujeta de la operación.
En síntesis, toda operación exenta o no sujeta debe estar respaldada documentalmente. La factura electrónica permitirá distinguir: se usan los códigos de exención cuando aplique y el código de no sujeción en su caso, de forma que quede claro por qué no se cobró IVA en esa línea. Esto no solo es obligatorio, sino útil para el contribuyente, pues documenta adecuadamente la razón de no cobro (evitando que en una fiscalización se confunda con omisión de impuesto).
Declaraciones de IVA – ¿Debe presentarse la declaración aunque no cobre impuesto?
Los contribuyentes inscritos deben presentar la Declaración Mensual de IVA (Formulario D-104), incluso en aquellos meses en que no haya impuesto a pagar. Esto incluye a quienes solo realizan operaciones exentas: deberán declarar sus ventas exentas y compras correspondientes.
Aunque el IVA liquidado sea cero, la declaración es obligatoria. Por ejemplo, un arrendador de vivienda exenta (alquiler bajo el umbral) igual debe presentar su declaración cada mes indicando el monto de alquiler en la casilla de ventas exentas y sin impuesto determinado. La falta de presentación puede acarrear sanciones, aún si no había monto por pagar.
Quienes realizan exclusivamente operaciones no sujetas y no están inscritos no presentan declaraciones de IVA (porque no son contribuyentes formales del impuesto). Sin embargo, atención: si una empresa combina operaciones gravadas/exentas con no sujetas, sí presenta declaración reportando únicamente las operaciones dentro del IVA (gravadas y exentas). Las actividades no sujetas no se incluyen en el formulario puesto que están fuera del ámbito; no obstante, podría ser prudente revelarlas en alguna información adicional si son significativas, para justificar, por ejemplo, ciertas compras sin crédito (por ejemplo: ventas de combustibles no sujetas podrían explicar montos altos de compras sin derecho a crédito).
Un caso práctico: Los alquileres de vivienda menores a 1.5 salarios base no pagan IVA, pero si el propietario está inscrito (porque podría tener otras rentas gravadas u otro negocio), deberá reportar ese alquiler en la declaración como exento. Un contribuyente consultó si debía declarar alquileres residenciales exentos y la respuesta de la autoridad fue clara: “Todos los meses hay que declarar” aunque no se cobre impuesto. La única forma de no declarar IVA es no ser contribuyente inscrito; pero una vez inscrito, se debe presentar declaración periódica con los datos correspondientes.
Derecho al crédito fiscal
El crédito fiscal es el IVA soportado en las compras y gastos que puede ser recuperado (acreditado) contra el IVA cobrado en ventas. Sin embargo, tanto las exenciones como las no sujeciones afectan este derecho:
- En las operaciones exentas, el contribuyente no carga IVA en sus ventas, por lo que típicamente no genera débito fiscal contra el cual acreditar el IVA soportado. Además, la ley y el reglamento suelen establecer que el IVA pagado en compras destinadas a producir ventas exentas no es acreditable (se convierte en un costo). Esto significa que si una empresa se dedica solo a actividades exentas, los IVA que paga en sus insumos no los recupera vía crédito fiscal (salvo exoneración particular de compras, que implicaría no pagar el IVA de entrada). Por ejemplo, una clínica privada (hipotéticamente exenta) paga IVA en la compra de medicamentos, pero al no cobrar IVA a sus pacientes, ese IVA pagado se queda como gasto. El principio internacional es que los exentos no trasladan impuesto, pero tampoco se les devuelve el que pagaron, para evitar distorsiones.
- En las operaciones no sujetas, ocurre algo parecido o más estricto: al estar fuera del impuesto, no existe ni débito ni crédito fiscal relacionado. Si una entidad únicamente realiza actividades no sujetas, no puede acreditar ningún IVA de sus compras, porque ni siquiera es contribuyente a esos efectos. Por ejemplo, una municipalidad que compra papelería paga IVA en la factura, pero como la municipalidad no es contribuyente de IVA, ese IVA es un costo definitivo (no hay mecanismo de crédito). Incluso cuando un contribuyente mezcla operaciones no sujetas con gravadas, el IVA en compras destinadas a la parte no sujeta no es acreditable. La única manera de recuperar IVA en insumos es generando operaciones gravadas o exentas con derecho a crédito.
- Proporcionalidad (prorrata): Cuando un mismo contribuyente realiza operaciones gravadas y exentas, puede acreditar solo la proporción del IVA soportado atribuible a las operaciones gravadas. Esto se determina mediante la prorrata de crédito (ingresos gravados o. totales, u otro método aprobado) para asegurar que no se use crédito por la parte exenta. La ley de IVA de Costa Rica contempla la obligación de aplicar prorrata en estos casos, según reglamentación. Por ejemplo, si el 60% de mis ingresos son por ventas gravadas y 40% por ventas exentas, solo podría usar como crédito el 60% del IVA en gastos comunes. Lo mismo aplica si hubiera actividades no sujetas en mezcla; esas generalmente se excluyen del cálculo, o se computan como exentas a efectos de prorrata (según lineamientos de DGT).
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Otras obligaciones formales
El hecho de que una operación esté exenta o no sujeta no libera al contribuyente de las demás obligaciones formales inherentes al IVA (en caso de estar inscrito). Entre ellas:
Llevar registros contables
Los contribuyentes de IVA deben llevar registros de ventas y compras, libros de IVA o sus equivalentes electrónicos, donde se asienten también las operaciones exentas (identificadas como tales) y, si es el caso, las no sujetas relevantes. Por ejemplo, en su sistema contable, un contribuyente reflejará las ventas exentas separadas de las gravadas, para totalizar correctamente sus ventas no gravadas al 13%. Esto facilita la preparación de la declaración y eventuales fiscalizaciones.
Comunicaciones informativas
La Administración Tributaria puede requerir información sobre operaciones exentas o no sujetas. Por ejemplo, si se otorga una exención a zona franca, es posible que solicite informes de cuánto se vendió bajo ese beneficio. También, las exenciones otorgadas mediante resoluciones (por ejemplo, ciertas ONG con exoneración) suelen tener que reportar su uso.
Es fundamental conservar documentación de respaldo de por qué se aplicó determinada exención o no sujeción (certificados de exoneración otorgados por Hacienda en casos particulares, listado de beneficiarios, facturas de compra con IVA exento por la ley, etc.). Esto comprueba la correcta aplicación en caso de auditoría.
Retenciones y otros deberes
Si bien la operación en sí no cause IVA, el contribuyente exento/no sujeto debe verificar si le aplican otras figuras. Por ejemplo, si un proveedor emite una factura exenta por estar en la canasta básica, de todas formas debe cumplir con emitir comprobante electrónico y el comprador, si es agente de retención en algún régimen, verificar si hay retenciones de renta u otros impuestos involucrados (no de IVA en este caso). Es decir, cumplir con todas las normas no-IVA vinculadas, sin olvidar las de IVA que apliquen indirectamente (ej. deber de inscribirse o de facturar ya mencionados).
Créditos fiscales prorrateados o anulados
Una obligación importante es recalcular y ajustar el crédito fiscal al cierre del período fiscal cuando se tienen actividades exentas. La ley exige que al final del año se rectifique la prorrata provisional aplicada si hubo variaciones en la proporción de ventas exentas/gravadas, ajustando en la declaración de diciembre. Esto es un deber formal-contable derivado de la correcta aplicación del IVA.
En conclusión, salvo la dispensa de cobrar IVA y de enterarlo al fisco, en lo demás un contribuyente con exenciones debe comportarse casi igual que uno plenamente gravado: inscribirse, facturar, llevar cuentas claras, declarar, etc. Y si solo tiene actividades no sujetas y por ende no es contribuyente, de todas formas debe documentar sus operaciones y estar atento a no cobrar indebidamente IVA ni acreditarlo.
Incumplir obligaciones formales, aunque no haya impuesto en juego, puede acarrear sanciones. Por ejemplo, no presentar declaración en cero, o no facturar una venta exenta, son faltas formales sujetas a multas según el Código de Normas y Procedimientos Tributarios. El Colegio de Contadores Públicos ha insistido en la importancia de que los contribuyentes se mantengan informados sobre estos deberes formales, más ahora con ajustes en comprobantes electrónicos y códigos especiales para exentos/no sujetos.
