Retención del impuesto de timbre 2026: ¿Cómo reintegrar valores cobrados indebidamente?

Si como agente retenedor aplicaste la tarifa del 1 % del impuesto de timbre en contratos de cuantía indeterminada entre enero y junio de 2026, debes revisar esos valores. Desde el 1 de enero de 2026 la tarifa volvió al 0 %, por lo que la retención del impuesto de timbre practicada después de esa fecha puede considerarse indebida y debe reintegrarse al contratista o proveedor afectado.

La DIAN precisó el procedimiento en la Circular 000004 de 2026, en concordancia con el artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016. Aquí te explicamos qué debe hacer el agente retenedor, cómo documentar el reintegro y cómo reflejar el ajuste en la declaración de retención en la fuente.

¿Por qué el impuesto de timbre vuelve al 0 % en 2026?

Para entender el origen del problema, hay que remontarse a 2025. Durante el estado de conmoción interior declarado en la región del Catatumbo y otros departamentos, el Gobierno nacional expidió el Decreto 0175 de 2025, que estableció temporalmente una tarifa del 1 % para el impuesto de timbre en contratos de cuantía indeterminada, con el fin de financiar el presupuesto del Estado durante la emergencia.

Esa tarifa temporal venía de la mano de una vigencia limitada: al concluir el estado de conmoción, la tarifa del impuesto de timbre para contratos de cuantía indeterminada regresó al 0 % a partir del 1 de enero de 2026. Desde esa fecha, los agentes de retención no tenían base legal para seguir practicando la retención.

Sin embargo, la DIAN detectó que entre enero y junio de 2026 varios agentes continuaron reteniendo el 1 %, generando retenciones indebidas que ahora deben ser reintegradas a los contratistas o proveedores afectados.

¿Qué contratos están en el centro de esta aclaración?

La Circular 000004 de 2026 se refiere principalmente a los contratos de cuantía indeterminada, es decir, aquellos en los que no se conoce desde el inicio el valor total de las obligaciones económicas derivadas del contrato.

En este tipo de contratos, el impuesto de timbre puede causarse sobre pagos o abonos en cuenta cuando se superan los topes aplicables. Sin embargo, para 2026 el punto clave no es solo la cuantía, sino la tarifa vigente: desde el 1 de enero de 2026 la tarifa aplicable es del 0 %.

Por eso, si durante los períodos 1 a 6 de 2026 se practicaron retenciones del 1 % por impuesto de timbre en contratos de cuantía indeterminada, el agente retenedor debe revisar esos valores y tramitar el reintegro cuando corresponda.

¿Cuál es el procedimiento que fija la Circular 000004 de 2026?

El procedimiento no se maneja como una devolución directa ante la DIAN, sino como un reintegro entre el agente retenedor y el contratista o proveedor afectado. La base operativa está en el artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016, que regula el reintegro de valores retenidos en exceso o indebidamente.

El flujo puede resumirse así:

La clave para el contador está en dejar trazabilidad completa: solicitud escrita, soporte de la retención original, comprobante del reintegro, anulación del certificado si aplica y registro del descuento en la declaración correspondiente.

¿Qué debe hacer el agente retenedor después de recibir la solicitud?

Una vez recibida la solicitud, el agente retenedor debe validar si efectivamente practicó una retención de impuesto de timbre durante 2026 bajo una tarifa que ya no correspondía. Esta revisión debe hacerse contra los soportes del contrato, los pagos o abonos en cuenta y los registros contables.

Si la retención fue indebida, el agente debe:

• Aceptar la solicitud de reintegro.
• Devolver el valor retenido al contratista o proveedor.
• Anular el certificado de retención si ya fue expedido.
• Conservar la solicitud escrita y los soportes.
• Registrar el reintegro en la contabilidad.
• Descontar el valor reintegrado de las retenciones por declarar en el período en que se hizo la devolución.

Este punto es importante: el agente retenedor no corrige necesariamente la declaración del período en el que ocurrió la retención. El ajuste se refleja en el período en el que se realiza el reintegro, descontando ese valor de las retenciones a declarar y consignar.

Para gestionar con precisión estos ajustes y cruzar los valores en cada período, contar con un software contable que te permita ver el historial de retenciones por contrato y período puede hacer la diferencia. Alegra Contabilidad te da trazabilidad completa de cada operación, lo que facilita identificar cuáles contratos fueron afectados y en qué períodos.

¿Cómo se refleja el reintegro en la declaración de retención en la fuente?

El reintegro no se registra como ingreso del contratista ni como una devolución solicitada directamente a la DIAN. Para el agente retenedor, el valor reintegrado se descuenta de las retenciones en la fuente por declarar y consignar en el mismo período en que realizó el reintegro.

En la práctica, pueden presentarse dos escenarios:

Este tratamiento evita tener que corregir automáticamente las declaraciones anteriores. Sin embargo, sí exige conservar soportes suficientes para demostrar por qué el valor declarado en el período del reintegro fue menor.

¿Qué pasa si el reintegro supera las retenciones del período?

Si el valor reintegrado al contratista es superior al total de retenciones que el agente debe declarar en ese período, no se pierde el saldo. El agente retenedor puede imputarlo en los períodos siguientes hasta agotarlo.

Por ejemplo, si en julio de 2026 el agente reintegra $8.000.000 por retenciones indebidas de impuesto de timbre, pero en ese período solo tiene $5.000.000 de retenciones por declarar, podrá descontar $5.000.000 en julio y llevar los $3.000.000 restantes a la declaración del período siguiente.

Lo importante es que el saldo esté claramente soportado y que exista consistencia entre la solicitud del contratista, el comprobante de reintegro, el registro contable y la declaración de retención en la fuente.

¿Qué pasa si ya se expidió certificado de retención?

Si el agente retenedor ya expidió un certificado por la retención de impuesto de timbre practicada indebidamente, debe anularlo. Esta anulación es necesaria porque el certificado soporta una retención que no debió practicarse y que será devuelta al contratista.

La anulación protege tanto al agente como al contratista. Para el agente, evita que exista un certificado vigente por una retención que ya fue reintegrada. Para el contratista, impide que use un soporte que no refleja una retención válida.

En este caso, el expediente del reintegro debería conservar:

• Evidencia del descuento aplicado en la declaración de retención en la fuente.
• Certificado de retención anulado.
• Solicitud escrita del contratista.
• Soportes de la retención original.
• Comprobante del reintegro.
• Registro contable del ajuste.

¿Cuánto tiempo tiene el contratista para solicitar el reintegro?

La Circular 000004 de 2026 recuerda que el plazo para solicitar el reintegro es de cinco años contados desde la fecha en que se practicó la retención indebida.

Esto significa que una retención practicada en enero de 2026 podría solicitarse hasta enero de 2031. Sin embargo, desde una perspectiva práctica, lo más recomendable es tramitar el reintegro cuanto antes para evitar diferencias contables, acumulación de saldos pendientes e inconsistencias en certificados o reportes tributarios.

Para el agente retenedor también es más conveniente resolver estos casos de forma temprana, porque así puede descontar los valores en períodos cercanos y conservar una trazabilidad más limpia.

¿Qué casilla del formulario 350 se ve afectada?

El impuesto de timbre se declara en el formulario 350 de retención en la fuente. La doctrina de la DIAN ha señalado que el pago del impuesto de timbre se realiza mediante la casilla correspondiente del formulario 350, por lo que cualquier reintegro debe revisarse contra los valores declarados por este concepto.

En términos prácticos, el contador debe identificar:

• Qué contratos generaron retenciones de impuesto de timbre en 2026.
• En qué períodos se practicaron.
• Qué certificados se expidieron.
• Qué valores fueron reintegrados.
• En qué período se descontó el reintegro.
• Qué saldo, si lo hay, queda pendiente por imputar.

La revisión no debe hacerse solo desde la declaración. También debe cruzarse con la contabilidad, los pagos, los contratos y los certificados emitidos.

Tip Alegra: si llevas la declaración 350 de varios clientes con Alegra Contabilidad, puedes identificar rápidamente cuáles empresas aplicaron retenciones de timbre en los meses afectados y priorizar las solicitudes de reintegro que ya deberías haber recibido o que están por llegar.

¿El agente de retención debe corregir las declaraciones ya presentadas?

En principio, el procedimiento de reintegro no exige corregir automáticamente las declaraciones de retención en la fuente ya presentadas. El artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016 permite que el agente retenedor descuente el valor reintegrado en el período en que efectúa el reintegro.

Esto significa que el ajuste opera hacia adelante: primero se reintegra el dinero al contratista y luego se descuenta ese valor de las retenciones por declarar y consignar.

Aun así, el contador debe revisar cada caso. Si además de la retención indebida existen errores de diligenciamiento, inconsistencias en valores declarados o certificados usados indebidamente, puede ser necesario evaluar otras acciones tributarias o contables.

¿Cuál es la diferencia entre reintegro de retenciones y devolución de saldo a favor?

Esta diferencia es clave para evitar trámites innecesarios. El reintegro de retenciones indebidas es un procedimiento entre el contratista y el agente retenedor. El contratista solicita la devolución al agente, y el agente devuelve el valor retenido de más.

La devolución de saldo a favor ante la DIAN, en cambio, es un procedimiento administrativo que adelanta el contribuyente directamente ante la autoridad tributaria cuando tiene un saldo a favor en una declaración o un pago de lo no debido.

En este caso, si el valor fue retenido indebidamente por un agente retenedor, la ruta principal es el reintegro por parte de ese agente, no una solicitud directa de devolución ante la DIAN por parte del contratista.

También conviene diferenciar este reintegro del mecanismo de imputación de saldos a favor en declaraciones tributarias, que aplica cuando el exceso queda en cabeza del declarante y se arrastra a períodos futuros dentro de la misma declaración.

¿Qué pasa si el agente ya expidió certificado de retención?

En ese caso, la circular es clara: el certificado de retención debe ser anulado. Este paso es importante porque el contratista podría haber intentado usar ese certificado para soportar una deducción o un saldo a favor que en realidad no procede, dado que la retención era indebida.

La anulación del certificado protege tanto al agente como al contratista, ya que elimina un documento que no refleja una retención válida. Si tienes dudas sobre el tratamiento contable y tributario de los saldos a favor generados por retenciones, puedes consultar nuestra guía sobre devolución y compensación de saldos a favor ante la DIAN.

¿Cómo puede ayudarte Alegra Contabilidad en este proceso?

Gestionar reintegros de retenciones en múltiples clientes exige organización y trazabilidad. Con Alegra Contabilidad puedes:

• Identificar qué contratos generaron retenciones de timbre en los meses de enero a junio de 2026.
• Cruzar los valores reintegrados con las retenciones del período correspondiente para cuadrar la declaración 350.
• Registrar la documentación soporte del reintegro vinculada a cada cliente y período.
• Exportar el historial de retenciones para presentarlo ante la DIAN si hay revisión.

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Checklist para contadores: cómo revisar si debes hacer reintegros

Antes de cerrar la declaración de retención en la fuente del período en el que vas a aplicar el ajuste, conviene hacer una revisión ordenada. Esta lista te ayuda a identificar los casos que requieren reintegro:

Este control es especialmente útil para firmas contables que administran varios clientes, porque permite priorizar los casos en los que ya hubo solicitud del contratista y anticipar aquellos en los que probablemente llegue una reclamación.

Preguntas frecuentes sobre el reintegro de retención de impuesto de timbre

Estas son las dudas más comunes sobre la retención de impuesto de timbre en 2026, el reintegro de valores cobrados indebidamente y el tratamiento que debe aplicar el agente retenedor en la declaración de retención en la fuente.

¿Es obligatorio para el agente retenedor aceptar la solicitud de reintegro?

Sí. Si la retención fue practicada en exceso o indebidamente — como ocurre con el impuesto de timbre desde el 1 de enero de 2026 — el agente está obligado a tramitar el reintegro conforme al artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016. Negarse implicaría mantener en su poder un valor que no le corresponde y que el contratista tiene derecho a recuperar.

¿Qué pasa si el agente ya presentó las declaraciones 350 con las retenciones indebidas?

El procedimiento no implica corregir las declaraciones 350 ya presentadas. El reintegro se maneja prospectivamente: el valor se descuenta de las retenciones del período en que se efectúe el reintegro, no del período en que se cometió el error. Esto simplifica el proceso y evita correcciones retroactivas.

¿El reintegro genera algún ingreso fiscal para el contratista?

No. El reintegro de una retención indebida es la devolución de un valor que nunca debió haber sido retenido. No constituye un ingreso para el contratista, sino la corrección de un error. El tratamiento contable depende de cómo se haya registrado la retención original, pero en principio la contra-partida es el ajuste de la cuenta de retenciones.

¿El impuesto de timbre volverá a activarse en 2026?

Con la información disponible a la fecha, la tarifa del impuesto de timbre para contratos de cuantía indeterminada es del 0 % desde el 1 de enero de 2026. La reactivación al 1 % estuvo vinculada exclusivamente al estado de conmoción interior del Decreto 0175 de 2025, que ya no está vigente. Cualquier cambio requeriría una nueva norma de rango legal o un nuevo decreto de emergencia.

Fuentes oficiales

• Circular 000004 del 12 de junio de 2026 — DIAN
• Artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016 — Función Pública
• Decreto 0175 de 2025 — Función Pública

¿Tienes casos de reintegro en tus clientes?

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