IVA en arriendos a IPS: Casos de exclusión según el Consejo de Estado

La discusión sobre la exclusión del IVA en arriendos a IPS, nació de ciertos conceptos doctrinales (Concepto 1739 de julio 16 de 2019 y el 873 del 7 de julio de 2022).

• ¿Qué argumentaba la Dian en sus doctrinas?  La Dian sostuvo que el servicio de arrendamiento de inmuebles contratado por una IPS no se encuentra dentro de las actividades excluidas del Impuesto al Valor Agregado (IVA). 
• ¿Qué estableció la Sentencia 28380 de 2025 sobre el IVA en arriendos a IPS? Que los arrendamientos contratados por IPS para prestar servicios del POS pueden estar excluidos de IVA, condicionados al uso de recursos y destinación previstos.

¿Qué argumentaba la Dian con relación al IVA en arriendos a IPS?

Las doctrinas de la Dian fueron demandadas, y la entidad en su defensa defendió su validez. En su interpretación del artículo 476 del Estatuto Tributario (ET) y del artículo 1.3.1.13.13 del Decreto 1625 de 2016, la Dian resaltó que solo los servicios expresamente listados en esas normas (servicios médicos, hospitalarios, del POS, etc.) gozan de la exclusión del impuesto, y el arrendamiento de un inmueble no aparece en dicha lista. En consecuencia, el alquiler de un local u oficina a una IPS constituye un servicio gravado, independientemente de la calidad del arrendatario, pues la exclusión no depende de ser IPS o no, sino del tipo de servicio en sí mismo.

Te puede interesar nuestro editorial: Productos excluidos de IVA y los cosméticos que entran en esta categoría.

Según la Dian, el arrendamiento es un servicio comercial común provisto por un tercero, que no guarda una relación directa ni intrínseca con la prestación de servicios de salud cobijados por la seguridad social. Argumentó que arrendar un inmueble en sí mismo no equivale a prestar un servicio médico, y además el inmueble arrendado podría eventualmente destinarse a otros usos según decida la IPS arrendataria, por lo que no existe un nexo automático entre el pago de ese alquiler y las prestaciones propias del Plan Obligatorio de Salud (POS). 

Tip Alegra: La Dian hizo énfasis en el carácter taxativo de las exclusiones en materia de IVA: si la ley no excluye expresamente un servicio (como es el caso del arrendamiento comercial, que típicamente está gravado salvo la excepción de vivienda), entonces dicho servicio debe considerarse gravado.

Aunque la propia doctrina de la Dian había reconocido en algunos pronunciamientos que cabría excluir del IVA un arrendamiento cuando se demuestre que tiene por objeto único y directo la prestación de servicios POS (es decir, ligado estrictamente a la seguridad social en salud), en la práctica la entidad consideraba que ese no era el supuesto general de los arrendamientos a IPS. 

Te puede interesar nuestro editorial: ¿Servicio de transporte está gravado con IVA cuando se vende mercancía sujeta a este impuesto?

¿Cuáles fueron los argumentos de la parte demandante frente al IVA en arriendos a IPS? 

La sociedad VM Legal S.A.S., en calidad de demandante, presentó una interpretación opuesta, y pidió la nulidad parcial de los conceptos de la Dian porque estos desconocían el mandato superior de protección de los recursos de la salud y se apartaban de la interpretación armónica del artículo 476 ET con la Constitución. 

Con Alegra contabilidad tienes un módulo de Inteligencia de Negocios llamado “Reportes” en donde podrás visualizar y descargar la información de tu cuenta a Excel. Entre estos reportes encontrarás aquellos de tipo fiscal. En su conjunto te permitirán conocer la situación administrativa, fiscal y contable de tus clientes en cualquier momento.

Según VM Legal, la doctrina fiscal debía ajustarse para reflejar que los arrendamientos de inmuebles por IPS, cuando sirven de soporte a la prestación de servicios del POS y son financiados con recursos parafiscales de salud, están excluidos del IVA, evitando así que la tributación “afecte recursos del sistema de seguridad social, en contravía del artículo 48 de la Constitución” y que la exclusión se torne inoperante por formalismos.

Un punto importante que señaló la parte actora fue la incoherencia o trato desigual en la doctrina de la Dian  respecto a diferentes actores del sistema de salud. Indicaron que el Concepto 873 de 2022 de la Dian admitía la posibilidad de exclusión de IVA para arrendamientos cuando quienes los contratan son EPS o ARS (Administradoras del Régimen Subsidiado), siempre que los mismos se destinen a prestaciones del POS; sin embargo, negaba esa posibilidad cuando la arrendataria es una IPS, a pesar de que en la práctica la IPS también está ejecutando prestaciones del POS con esos inmuebles. 

VM Legal S.A.S. puso de presente la Sentencia con expediente 22845 del Consejo de Estado del 14 de agosto de 2019, con ponencia del consejero Milton Chaves García, donde se reconoció que un servicio de arrendamiento no puede gravarse con IVA si se demuestra que su objeto es desarrollar prestaciones propias del POS. Aclaró que, si bien aquel caso se refería a arrendamientos contratados por EPS/ARS, el mismo criterio debía aplicarse a las IPS que realizan prestaciones del POS utilizando recursos del sistema. 

¿Cuáles fueron los aspectos evaluados por el Consejo de Estado respecto a la exclusión del IVA en arriendos a IPS? 

El Consejo de Estado comenzó por reiterar que las exclusiones de IVA contempladas en los numerales 2 y 3 del artículo 476 ET (servicios vinculados a la seguridad social en salud) son de carácter objetivo, conforme lo ha dicho la Corte Constitucional: dependen de la naturaleza del servicio prestado y no de la persona o entidad que lo presta. 

¿Por qué razón los arriendos para servicios de salud no deben llevar IVA?

Bajo la óptica anterior, la Sala enfatizó que si un servicio contratado guarda una relación directa y estrecha con la prestación de servicios del POS, financiados con recursos parafiscales de la salud, debe ser tratado como excluido del IVA, por mandato tanto legal como constitucional. 

En cambio, un servicio que no esté ligado a las funciones propias del sistema de salud o que se pague con recursos de distinta naturaleza sí estaría sujeto al gravamen. La clave está en asegurar que los recursos de la UPC dedicados a financiar prestaciones del POS no terminen gravados, pues de lo contrario se violaría la prohibición del artículo 48 superior de usar fondos de seguridad social para fines ajenos (impuestos).

La Sala recordó que, según la jurisprudencia de la Corte Constitucional, la UPC cubre la totalidad de los costos necesarios para ejecutar el Plan Obligatorio de Salud, incluyendo tanto las atenciones en salud como los gastos administrativos y operativos inherentes. De allí deriva que todos los recursos que integran la UPC (sin distinguir su destinación específica dentro del plan) están amparados por la regla de no tributación.

El Consejo de Estado subrayó que las IPS forman parte del SGSSS como entidades encargadas de prestar los servicios de salud a los afiliados, operando con base en los recursos del POS que les transfieren las EPS por esos servicios. En consecuencia, cuando una IPS realiza actividades vinculadas al sistema y que comprometen los recursos del POS, tales actividades no pueden quedar gravadas con IVA, ya que esos ingresos están “afectos a una destinación específica” de seguridad social. 

¿Qué sucede si una IPS desarrolla actividades por fuera del POS?

Por el contrario, si una IPS desarrolla actividades por fuera del POS, financiadas con recursos de otra naturaleza (por ejemplo, servicios particulares no cubiertos por la UPC), dichos ingresos sí podrían ser gravados sin transgredir la protección constitucional, puesto que allí no se están usando fondos públicos parafiscales del sistema. Esta distinción, señalada incluso por la Corte Constitucional (sentencia C-1040 de 2003), clarifica que no es la entidad IPS per se la que goza o no de exclusiones, sino la relación del servicio con el sistema de seguridad social y la fuente de su financiación.

¿Se debe cobrar IVA en el arriendo de un local a una IPS? 

Tras efectuar el análisis anterior, el Consejo de Estado procedió a resolver el caso anulando parcialmente los conceptos de la Dian impugnados. En la parte resolutiva de la Sentencia 28380 de 2025, la Sala declaró la nulidad parcial tanto del Concepto 1739 de 2019 como del 873 de 2022, exclusivamente en los apartes donde dichas doctrinas negaban de manera general la exclusión del IVA en los arrendamientos contratados por IPS. 

El efecto concreto de la sentencia es que la Dian deberá ajustar su doctrina sobre el tema para reflejar la posición del Consejo de Estado. Esto implica reconocer que sí es posible excluir del IVA el servicio de arrendamiento de un inmueble cuando una IPS lo contrata para la prestación de servicios de salud del POS, siempre que se pruebe que el pago proviene de recursos del sistema de salud y que el inmueble se destina exclusivamente a dichas prestaciones. 

¡Descarga la Sentencia 28380 de 2025!

¿Qué opinas de la decisión del Consejo de Estado? Participa en el debate dejando tu respuesta en la sección de comentarios. Sigue explorando nuestro portal Siempre Al Día para mantenerte actualizado con todos los temas y tendencias fiscales, contables y financieras que impactan tu profesión.