Incapacidad laboral en Colombia: ¿cómo funciona y quién paga?

En Colombia, el manejo de las incapacidades laborales es muy importante, dado que dependiendo del tipo de incapacidad varía el responsable de reconocer el derecho económico al empleado:

• Definición clave: período en que un trabajador no puede laborar por recomendación médica, respaldado por un certificado que especifica los días de reposo.
• Derecho económico: el empleado recibe pago parcial o total del salario según el tipo de incapacidad.
• Clasificación legal: Origen común (por enfermedad general o accidente no relacionado con el trabajo) y origen laboral (por accidentes de trabajo o enfermedades profesionales).

¿Qué es una incapacidad laboral?

Una incapacidad laboral es el periodo de tiempo durante el cual un trabajador, por recomendación médica, no puede laborar debido a una condición de salud. Un médico expide un certificado de incapacidad indicando los días de reposo necesarios. Durante esos días, el empleado tiene derecho por ley a un pago parcial o total de su salario, dependiendo del tipo de incapacidad. 

En Colombia existen incapacidades de origen común (por enfermedad general o accidente no laboral) y de origen laboral (causadas por el trabajo). En ambos casos, el objetivo es proteger el ingreso del trabajador mientras se recupera, pero el responsable de pagar y el porcentaje cubierto varían según el origen de la incapacidad.

Tip Alegra: Es obligatorio que el trabajador informe y entregue el certificado de incapacidad a su empleador. Sin este soporte, la empresa podría considerarlo una ausencia injustificada. Además, el valor pagado por incapacidad no puede ser inferior al salario mínimo legal vigente proporcional​, garantizando una protección mínima al trabajador.

¿Quién paga una incapacidad por enfermedad general?

La incapacidad por enfermedad general aplica cuando el trabajador sufre una enfermedad común (como una gripa fuerte, una lesión fuera del trabajo, etc.) que le impide temporalmente cumplir sus funciones. El pago de estas incapacidades se distribuye así según lo establece el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo (CST):

• Días 1 y 2: están a cargo del empleador. La empresa debe pagar estos primeros días de incapacidad al 66,67 % del  Ingreso Base de Cotización (IBC) del trabajador (es decir, dos tercios del valor que devenga por día).

Tip Alegra: Algunas empresas deciden por liberalidad reconocer el 100 % del salario.

• Desde el día 3 hasta el día 90: corresponden a la EPS, que cubre el pago de la incapacidad también al 66,67 % del IBC del trabajador. En la práctica, esto significa que la empresa usualmente paga al empleado y luego solicita el reembolso a la EPS por esos días.
  
• Día 91 hasta el día 180: si la incapacidad se extiende más de 90 días consecutivos, la EPS sigue cubriendo al trabajador, pero el pago se reduce al 50 % de su IBC  durante los días 91 a 180.

Si el trabajador aún no puede regresar al trabajo después de 180 días de incapacidad por enfermedad común, la legislación prevé que el caso pase al fondo de pensiones para evaluar una posible pensión por invalidez​. En este punto, se determina si el empleado puede ser rehabilitado para volver a trabajar o si califica para pensionarse por su condición. Adicionalmente, una vez superados esos 180 días, el empleador legalmente puede dar por terminado el contrato de trabajo por incapacidad prolongada justificada, si no hay pronóstico de recuperación del empleado (según lo estipulado en el Código Sustantivo del Trabajo).

• Días 181 a 540: a cargo del Fondo de Pensiones (AFP). El pago corresponde al 50 % del IBC. Este pago está condicionado a la emisión previa de un concepto de rehabilitación (favorable o desfavorable) por parte de la EPS. Si la EPS no emite dicho concepto a tiempo (antes del día 120/150), podría tener que continuar pagando el auxilio hasta que lo emita.  

• Días 541 en adelante: a cargo de la EPS, nuevamente al 50 % del IBC, pero solo bajo condiciones específicas: si existe concepto favorable de rehabilitación que requiere continuar tratamiento, si el paciente no se ha recuperado a pesar de seguir protocolos, o si surgen nuevas enfermedades concomitantes que prolongan la recuperación.

Ejemplo práctico: un auxiliar contable con salario mensual de $1.800.000 presenta una incapacidad médica de 5 días por enfermedad general. Su salario diario aproximado es de $60.000; en incapacidad, recibiría unos $40.002 por día (66,67 % de $60.000). La empresa le paga los días 1 y 2 a esa tasa, y los días 3 al 5 son asumidos por la EPS al mismo porcentaje. El contador de la empresa registra esos pagos en la nómina y luego tramita ante la EPS el reembolso de los días 3-5 pagados al empleado. De este modo, el trabajador recibe su pago por los 5 días de ausencia según la ley, y la empresa recupera de la EPS lo correspondiente a partir del tercer día.

¿Quién paga una incapacidad de origen laboral?

La incapacidad de origen laboral se encuentra regulada en el artículo 3 de la Ley 776 de 2002. Ocurre cuando la causa es un accidente de trabajo ocurrido en el desempeño de las funciones, o una enfermedad profesional adquirida por la naturaleza del oficio. En estos casos, las reglas de pago son distintas debido a que existe un seguro de riesgos laborales:

• Desde el día 1: la Administradora de Riesgos Laborales (ARL) asume el pago desde el primer día de incapacidad, cubriendo el 100 % del  IBC del trabajador durante todo el período de la incapacidad​. No hay disminución al 66,67 % ni al 50 %.

Tip Alegra: El trabajador incapacitado por un accidente laboral o enfermedad profesional recibe su salario completo.

• Hasta 180 días (o más): la ARL cubre hasta 180 días de incapacidad inicialmente, con posibilidad de prórroga por 180 días adicionales si el tratamiento o la recuperación del trabajador lo requieren​. Si tras agotar hasta 360 días (un año) de incapacidad laboral el empleado no mejora, se procede a evaluar su estado para una posible pensión por invalidez, similar al caso de enfermedad general prolongada.
  

En la práctica, aunque la ARL es la responsable del pago, el procedimiento suele implicar que la empresa continúe pagando el salario al trabajador en sus fechas habituales, y posteriormente cobre a la ARL esos valores de incapacidad. Esto evita que el empleado tenga demoras en recibir su dinero. El contador de la empresa debe entonces coordinar con la ARL la compensación de esos pagos, presentando los certificados de incapacidad laboral de origen profesional.

Ejemplo práctico: un contador en una empresa industrial sufre un accidente leve en la oficina y recibe 10 días de incapacidad. Si su salario mensual es de COP $4.000.000 ($133.333 diarios), la ARL cubre esos $66.667 por cada uno de los 10 días. La empresa le paga normalmente su sueldo de esos días al contador, pero luego presenta la documentación a la ARL, quien reembolsa el 100 % de ese pago a la compañía. El contador no ve afectado su ingreso y la empresa recupera el dinero mediante el seguro de riesgos laborales.

Resumen sobre pagos y responsabilidades por incapacidad laboral en Colombia

A continuación, presentamos una matriz resumen sobre los pagos y responsabilidades por incapacidad laboral:

Puntos a tener en cuenta por parte de los contadores en la gestión de una incapacidad laboral

La gestión adecuada de las incapacidades laborales en Colombia requiere precisión y conocimiento actualizado de la normativa. Para los contadores, los puntos clave a recordar son:

• Clasificar correctamente: distingue entre origen común y laboral es el primer paso crítico.
• Conocer pagos y porcentajes: aplica correctamente los porcentajes (66,67 %, 50 %, 100 %) según la entidad responsable (Empleador, EPS, AFP, ARL) y el rango de días. Utiliza la tabla resumen como referencia rápida.
• Calcular bien el auxilio: usa el IBC del mes anterior al inicio y aplicar siempre la garantía del smmlv.
• Aportes a seguridad social: continúa pagándolos, pero sobre el valor del auxilio recibido por el trabajador.
• Aportes parafiscales: no se pagan sobre el auxilio por incapacidad.
• Prestaciones sociales: liquida correctamente prima y cesantías (generalmente no se afectan por incapacidad <180 días), y ajusta el cálculo de vacaciones si la incapacidad supera los 180 días.
• Contabilidad adecuada: registra pagos y reembolsos.
• Gestión del recobro: sé diligente con la documentación para asegurar el reembolso oportuno y minimizar el impacto en el flujo de caja.
• Incapacidades largas: maneja con especial cuidado los casos >180 días, involucrando a la AFP y, crucialmente, obteniendo autorización del Ministerio del Trabajo antes de considerar cualquier terminación contractual.

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Alegra nómina: Gestión eficiente de nómina e incapacidades

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